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バイアルを検査する研究者
エル・ギブソン

スウィフトシーケンス

UNMの科学者による迅速な検出後、オミクロンに公衆が警告

新しいCOVID-19バリアントが広がり始めたときにそれらを検出する 大規模な科学的およびロジスティックスの課題です。

しかし、パンデミックの開始以来、SARS-CoV-2(COVID-19を引き起こすウイルス)の蔓延を研究および追跡してきたニューメキシコ大学のXNUMX人の科学者のおかげで、ゲノム監視は、オミクロン変異体が最初にあったときに私たちが知っていた方法ですニューメキシコに持ち込まれました。

2021年2月、ニューメキシコ大学健康科学センター(国立総合医科学研究所が支援)のSARS-CoV-XNUMXゲノム監視プログラムの共同リーダーであるDarrell L. Dinwiddie、PhDとDaryl Domman、PhD 、州でオミクロン変異体の最初の既知の症例を検出し、それにより迅速な公衆衛生対応が可能になりました。

 

ダレル・ディンウィディー博士
私たちは、サンプルを取得し、可能な限り迅速にシーケンスするためにそれらを処理する、かなりリアルタイムの分析を行うようにしています。 次に、公衆衛生当局と臨床医に情報を提供できます。これは、より感染性の高いバリアントがある場合にポリシーを変更できるためです。
- ダレル・ディンウィディー、PhD

UNM病院の患者がCOVID-19の検査で陽性を示してから一週間以内に、SARS-CoV-2ゲノム配列の分析を扱うDommanの研究室は、サンプルがオミクロン変異体であると判断しました。

DommanとDinwiddieは、すぐにニューメキシコ州保健局(DOH)に通知しました。 翌日、DOHは、オミクロンが州に到着したという公共広告を発表し、追加の予防措置を奨励することができました。

「それはかなり迅速な転換でした」とDinwiddieは言いました。

UNM小児科の助教授であるDinwiddieは、SARS-CoV-2とその変異体の研究と追跡も、ワクチンの有効性の監視に役立っていると述べました。

「SARS-CoV-2の新株が登場したときにワクチン接種を受けた個人の保護が低下し始めたとき、それはおそらく彼らの免疫力が低下していることを示しています」とDinwiddieは言いました。 「これは、CDCとFDAが、別のブースターを承認する必要があるかどうかを確認するために使用できます。」

パンデミックの前に、内科の助教授であるDinwiddieは、ゲノム検査を使用して他の呼吸器ウイルスを研究し、Dommanの焦点は、世界規模でのコレラのゲノム監視でした。 Dommanは、2年の初めにSARS-CoV-2020ウイルスに焦点を移す時期になったとき、彼らの専門分野はうまくかみ合ったと述べました。

 

ダリル・ドマン
私たちは本当に補完的なスキルセットを持っていると思います。 私たち二人にとって、スキルセットをSARS-CoV-2に適用するのは非常に簡単な移行だったと思います。そのため、私たちは非常に迅速にピボットして物事を進めることができました。
- ダリル・ドマン、PhD

「私たちは本当に補完的なスキルセットを持っていると思います」とDommanは言いました。 「私たち二人にとって、スキルセットをSARS-CoV-2に適用するのは非常に簡単な移行だったと思います。そのため、私たちは非常に迅速にピボットして物事を進めることができました。」

2人は、UNM病院とニューメキシコ州全体の病院の両方、およびTriCoreReferenceLaboratoriesと呼ばれる大規模な診断検査会社からのSARS-CoV-XNUMXの陽性サンプルをシーケンスしました。

「これにより、ウイルスがどのように州に持ち込まれ、これらの感染がどこから来たのかについての洞察が得られました」とDinwiddie氏は述べています。 「それから、入ってきてコミュニティの広がりにつながったものを追跡することができました。」

米国は過去19年間でゲノム検出の仕事が劇的に良くなっていますが、彼らを遅くしていることがXNUMXつあります。それは、自宅でのCOVID-XNUMX検査です。

もちろん、在宅検査の利点は陰性を上回りますが、それらの陽性サンプルは監視システムに供給されません。

「これは私たちだけでなく、症例数にも劇的な影響を及ぼします」とドムマン氏は述べています。 「サンプルへのアクセスと、州内および地域的および全国的に流通しているものを理解するという観点から、これは間違いなく克服しなければならない問題です。」

この問題に対処するために、Dommanは、TriCoreおよびDOHとともに、ニューメキシコの目標は、特定の月にすべての陽性症例の少なくとも5%をシーケンスすることであると述べました。

「それはかなり良いベースラインです」と彼は言いました。 「そのレベルでは、通常、州内を循環しているバリアントとサブバリアントをピックアップします。」

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