免疫組織化学的に染色された組織切片または免疫蛍光切片の画像は、Leica Versa 200デジタルスキャナーでキャプチャされ、HALOイメージングおよび注釈ソフトウェアにアップロードされます。 HALOソフトウェアを使用すると、組織（腫瘍、間質、筋肉、脂肪など）に注釈を付けてから、これらの注釈付き領域のそれぞれで選択したタンパク質（図）が陽性の細胞を数えることができます。
また、最近傍相互作用を分析および定量化することもできます。 このソフトウェアには、参照フレームやスケールバーなどの公開可能な形式で画像のマルチパネル写真を作成できる図形作成ツールが含まれています。
左上のパネルは組織マイクロアレイサンプルを示し、中央のパネルはHALOマークアップのないKi67染色（茶色）を示し、右のパネルはHALOマークアップのある同じ画像を示しています。
マークアップは、腫瘍細胞の核におけるKi67の低レベルの染色（黄色）、中程度の染色（茶色）、および高レベル（赤）を示しています。 青い染色は、Ki67が陰性の細胞です。 ソフトウェアは、腫瘍のストーマにおけるKi67染色を独立してカウントできます。 この表は、各染色カテゴリーの細胞数とパーセンテージの読み取り値を示し、ヒストグラムは染色の分布を示しています。
