病原体ゲノミクス
私の研究室では、ゲノミクスを使用して、感染症がパンデミックを引き起こし、世界中に急速に広がる可能性があることを調査しています。 これにより、病気の蔓延を食い止めるのにはるかに効果的な、より良い管理プログラムを導くことを望んでいます。 現在、(1)パンデミックコレラの伝播動態と進化、(2)山西部でのSARS-CoV-2のゲノム疫学、(3)抗菌薬耐性の理解へのOneHealthアプローチの適用を含むXNUMXつの主要なテーマを追求しています。 。
コレラは、発生の爆発的な性質と独特の米水便による下痢性疾患の疫学の多くの側面を理解するための優れたモデルとして機能します。 よりグローバルに焦点を当てた感染の調査に基づいて、私たちの焦点は、家庭や地区などの公衆衛生介入に関連する空間スケールでこのゲノム情報をどのように利用できるかに移っています。 また、Rなどの主要な疫学的パラメーターの独立した推定値を提供するためのリアルタイムシーケンシングの有用性にも関心があります。0 症例総数の推定。 これらのツールを使用すると、次のコレラの発生が発生する可能性のある場所についてより良い予測を提供でき、苦しんでいる地域でコレラを止めるための合理的で証拠に基づいた介入を設計できます。
2020年2月から、私の研究室は、現在のCOVID-19パンデミックの原因となっているウイルスであるSARS-CoV-1,000のゲノムの配列決定に急速に適応しました。 Darrell Dinwiddieの研究室(UNM)とともに、私たちはニューメキシコ州とワイオミング州のシーケンシングおよびゲノミクスのリーダーであり、CDC-SPHERESコンソーシアムの一部です。 私たちは、ロスアラモス国立研究所のNMおよびWY保健省、ならびに地域の試験施設と緊密に協力して、サンプルを入手し、マウンテンウェスト地域全体でのウイルスの発生分析および伝播履歴に関連する分析を提供します。 この能力において、我々は地域全体の州から約2のウイルスゲノムを配列決定しました。 私たちの目標は、SARS-CoV-XNUMXがコミュニティ内およびコミュニティと州の間でどのように広がっているかについて、公衆衛生当局に実用的なデータを提供することです。
また、これらのゲノム疫学技術を適用して、抗菌薬耐性遺伝子が細菌集団をどのように移動しているか、およびこの広がりを推進している圧力を理解することに強い関心を持っています。 動物医学と人間医学の両方で抗菌剤を不適切に使用すると、サルモネラ属菌などの主要な細菌性病原菌の耐性が高まります。 と大腸菌。 人間の健康は環境の健康と動物の健康(すなわちOne Health)に依存しているため、AMR遺伝子と耐性病原体が動物-人間-環境集団間をどのように移動しているかを理解することが最も重要です。